Năm 1946, Hoàng Ngân được Xứ ủy Bắc Kỳ cử làm Bí thư Đoàn Phụ nữ cứu quốc tỉnh Hải Dương. Tại đây Hoàng Ngân tích cực củng cố cơ sở, huấn luyện cán bộ và Hải Dương được đánh giá là địa phương có phong trào phụ nữ mạnh.

Đầu năm 1947, Hoàng Ngân được bầu vào Khu uỷ khu 3, phụ trách công tác dân vận và khu hội phụ nữ. Cuối năm đó, bà được cử làm Bí thư trung ương lâm thời Đoàn Phụ nữ cứu quốc Việt Nam.

Trong Hội nghị cán bộ phụ vận toàn miền Bắc cuối năm 1947, bà được bầu làm Bí thư Ban Phụ nữ cứu quốc Bắc bộ.

Từ năm 1948 tới năm 1949, kháng chiến chống Pháp vào giai đoạn gay go ác liệt, cơ quan Hội liên hiệp phụ nữ luôn phải di chuyển đi nhiều tỉnh: Thái Nguyên, Bắc Kạn, Bắc Giang, Hà Nam... Hoàng Ngân vẫn xông xáo lo toan, duy trì liên lạc và đẩy mạnh hoạt động của phong trào phụ nữ kháng chiến.

Năm 1948, bà đã sáng lập ra tờ báo Tiếng gọi phụ nữ, tiền thân của tờ Phụ nữ Việt Nam hiện nay[2]. Bài xã luận đầu tiên của bà đăng trang 2 số báo đầu tiên trở thành bài viết nổi tiếng đối với phụ nữ tham gia kháng chiến lúc đó.

Do bệnh tật dày vò, ngày 17 tháng 7 năm 1949, sau một cơn đau nặng, Hoàng Ngân đã qua đời tại Việt Bắc khi mới 28 tuổi.